K realizaci byla vybrána firma Nakajima, kde pod vedením konstruktérů Yasuo Fukudy a Yošizo Yamamota 30. 6. 1942 začaly práce na stroji s továrním označením N-50. Původně bylo uvažováno velmi neortodoxní řešení, stroj se dvěma motory o výkonu 735 kW v trupu, které by pomocí převodů poháněly vrtule umístěné na křídle. Takové řešení, zvolené pro nedostatek dostatečně výkonného motoru pro dosažení požadovaných výkonů, by zcela jistě přineslo obrovské problémy. Naštěstí, vzhledem k možnosti použít nový vysoce výkonný motor Nakajima Homare, bylo možno tuto koncepci opustit ve prospěch konvenčněji řešeného stroje. Při jeho vývoji byla využita mnohá řešení, použitá u palubního bombardéru B6N Tenzan, tomu byl výsledný stroj i dosti podobný.
Pohon tedy obstarával motor Nakajima NK9B Homare 11 o výkonu 1323 kW s čtyřlistou licenční německou vrtulí VDM C6 P10. Typický byl chladič oleje, posunutý asymetricky vlevo, podobně jako u B6N. Stejně tak byla z B6N použita i typicky tvarovaná a pro kompenzaci reakčního momentu vrtule výrazně vlevo vyosená SOP. Křídlo s laminárním profilem NACA 63 mělo dosti malou plochu, což kolidovalo s požadavkem na přistávací rychlost maximálně 130 km/h. Aby jí bylo i přes to dosaženo, byla použita kombinace fowlerových klapek, výsuvných slotů na náběžné hraně křídla, změny úhlu náběhu stabilizátoru a úprava výchylky křidélek při přistání tak, že levé sa pohybovalo jen směrem dolu, zatímco pravé nahoru i dolu (toto řešení bylo převzato z B6N, umožňovalo zapojit křidélka do role klapek a zároveň-omezeně-zachovat jejich základní funkci). V křídle bylo neseno 1356 l paliva v deseti nádržích, šest z nich bylo chráněných, čtyři v náběžné hraně nikoli. Dalších 726 l paliva bylo možno nést v přídavné nádrži pod trupem. Osádku tvořil pilot, navigátor (to byl většinou i velitel stroje) a střelec, který také obsluhoval rádiostanici a především fotografické přístroje. Šlo o pevnou kameru F-8 a menší ručně ovládanou K-8. Obrannou výzbroj tvořil pouze jeden kulomet Typ 1 ráže 7,92 mm (licenční německý MG 15), umístěný v zadní části kokpitu. Ten byl ovšem spíše symbolickou obrannou, hlavní měly být co nejvyšší výkony.
První prototyp byl dokončen 26. 3. 1943, k zalétání došlo 15. 5. Motor se bohužel ukázal být prozatím značně nespolehlivý a ani nedával udávané výkony. Přesto stroj dosahoval maximální rychlosti až 640 km/h, což nebylo daleko za požadavky. Dolet s přídavnou nádrží dokonce požadavky překročil, když dosahoval až 5550 km (3000 mil). Do dubna 1944 byly postaveny dalších dva prototypy a 16 předsériových strojů. Na prvním, druhém, čtvrtém a pátém byly zkoušeny motory NK9K Homare 22 o výkonu 1470 kW, na třetím zase NK9H Homare 21 o výkonu 1484 kW. Ten se stal od čtrnáctého předsériového stroje standardem spolu s vrtulí Sumitomo KL38C a také se zkráceným chladičem.

V této podobě byl stroj přijat do výzbroje jako námořní palubní průzkumný letoun model 11 čili C6N1 model 11 Saiun. Sériová výroba běžela od června 1944 a celkem dala 443 stroje. Zatímco prototypy a předsériové stroje byly vyrobeny v továrně v Koizumi, sériová výroba běžela v Handské továrně (379 strojů) a v licenci u Nihon Hikoki (65 kusů). Ač byl Saiun vyvinut pro slubu na palubách letadlových lodí, operoval již jen z pozemních základen. Jeho výkony byly natolik vysoké, že mu umožňovaly provádět velmi efektivní průzkumné akce i navzdory drtivé americké vzdušné převaze. Ironií osudu se však stalo, že posledním sestřeleným japonským strojem byl právě C6N. Sestřelen byl 15. 8. 1945 v 05:40, tedy pět minut před ukončením nepřátelských akcí mezi USA a Japonskem.

Výtečné výkony stroje také vedly k úvaze o jeho palubní torpédové/bombardovací versi, označené C6N1-B. Projekt však již nebyl realizován.
Improvizovaně však vznikla u 302 Kokutai noční stíhací verse, označená C6N1-S. Jistá je přestavba stroje YoD-292, který měl šikmo pod úhlem 30° do prostoru pozorovatele vestavěnu dvojici kanonů typ 99 model 1 ráže 20 mm, a stroje YoD-295, který zde měl jeden kanon typ 5 ráže 30 mm. Pravděpobně však bylo přestavěno více strojů. Jedna přestavba (s kanonem typ 5) vznikla také u Yokosuka Kokutai. Výkony se nelišily od standardních Saiunů, avšak příliš se neosvědčily, vzhledem k nedostatečné stoupavosti a absenci nočního vybavení.


Pro zlepšení vlastností ve velkých výškách vznikl stroj C6N2, poháněný motorem NK9K-L Homare 24, což byl Homare 22 vybavený turbokompresorem Ru 212 (Hitači model 92). Opět byla použita vrtule VDM C6 P10. V únoru 1945 vznikl prototyp, zalétaný byl ale až v červenci, neboť se dlouho nedařilo zbavit turbokompresor potíží. Výškové vlastnosti se výrazně zlepšily, ale vzhledem k stálým problémům s turbokompresorem již žádný další stroj nevznikl.

Projektována byla noční stíhací verse, odvozená od C6N2, označená C6N3 Saiun KAI 1. Motor Mitsubishi MK9A o výkonu 1620 kW, vybavený turbokompresorem Hitači model 10, měl pohánět bombardovací versi C6N4 Saiun KAI 2. Počítalo se také s přepracováním konstrukce na dřevěnou, ale nic z toho již nebylo realizováno.
TECHNICKÉ ÚDAJE (C6N1 / C6N2)
ROZMĚRY
Rozpětí: 12,5 m
Délka: 11,15 m
Výška: 3,96 m
Nosná plocha: 25,5 m2
HMOTNOST
Prázdná: 2875 kg / 3100 kg
Vzletová: 4500 kg / 4725 kg
Maximální: 5260 kg / -
VÝKONY
Maximální rychlost: 610 km/h (v 6000 m) / 640 km/h (v 8500 m)
Cestovní rychlost: 390 km/h / -
Dostup: 10500 m / 12500 m
Dolet: 5300 km / -