Standartní bombardovací Ju 88 řady A byl sice vynikajícím strojem, avšak ne zcela bez chyb. Původně byl vyvíjen jako rychlý bombardér, avšak po změně na dvouúčelový horizontální/střemhlavý bombardér, použitím vnějších závěsníků a dalšími úpravami jeho výkony dosti klesly. Následně bylo nutné zesílit obrannou výzbroj, čímž výkony opět poklesly. Ke konci roku 1942 se začala realizovat myšlenka na návrat k původnímu pojetí rychlého horizontálního bombardéru.
Reakcí byl prototyp Ju 88 V-93 (později přeznačen na Ju 88 S V-1). Použit byl drak standartního Ju 88 A-4, pro pohon byly místo Jumo 211 použity BMW 801 D (1250 kW), odstraněny byly vnější pumové závěsy, příď byla aerodynamicky zjemněna a omezeno bylo pancéřování. Rychlost stoupla z 470 km/h u A-4 na 535 km/h, Luftwafe však nebyla stále spokojena. Vznikla proto zkušební série strojů S-0 s omezenou obranou výzbrojí, 910 kg pum v přední pumovnici a 680 l nádrží v pumovnici zadní. Výkony sice opět trochu stouply, avšak S-0 představoval až příliš velký kompromis, především co do nosnosti. Byly proto provedeny další úpravy.
Na podzim 1943 začala výroba strojů Ju 88 S-1. Poháněny byly motory BMW 801 G-2 se zařízením GM 1 (vstřik oxidu dusného pro zvýšení výkonu), které měly ve výšce 7300 m výkon 1050 kW. Osádka byla redukována na tři muže, obranná výzbroj tvořena pouze jedním kulometem MG 131 ráže 13 mm, pancíř mělo jen sedadlo pilota, olejové chladiče a sklo v lafetě kulometu. Odstraněna byla vana pod trupem, vyčníval pouze pumový zaměřovač. Nosnost se zvýšila na 2000 kg při použití dvou vnějších pumových závěsů.
Vyráběny byly i další varianty. Ju 88 S-2 byl poháněn motory BMW 801 TJ s turbokompresorem, které dávaly ve výšce 12000 m ještě 1100 kW. Pumy (až 3000 kg) byly neseny v dřevěné nástavbě pod trupem, v pumovnicích byly nádrže s 1900 l paliva. V zadní části nástavby byl pevný dozadu střílející kulomet MG 81 Z ráže 7,92 mm, zaměřovaný pomocí periskopu. Na variantu S-1 navazovala S-3, lišící se motory Jumo 213 A, opět s GM 1 a s krátkodobým výkonem až 1690 kW, díky čemuž dosahovala tato verse rychlosti až 645 km/h! Vznikly také průzkumné verse označené T-1 (z S-1) a T-3 (z S-3), které měly v pumovnici fotografické přístroje a další palivové nádrže.
Stroje řady S/T byly používány především na západní frontě proti Velké Británii. Výroba byla ukončena v létě 1944 po zavedení Jägerprogrammu. Celkové množstí vyrobených strojů není známo, nabylo však příliš velké.
TECHNICKÉ ÚDAJE (Ju 88 S-1)
ROZMĚRY
Rozpětí: 20,08 m
Délka: 14,84 m
Výška: 4,8 m
Nosná plocha: 54,8 m2
HMOTNOST
Prázdná: 8350 kg
Max. vzletová: 13800 kg
VÝKONY
Max. rychlost: 545 km/h / 610 km/h (v 8000 m bez/s GM 1)
Dostup: 10350 m / 11600 (bez/s GM 1)
Dolet: 2300 km (s 2000 kg pum)

Ju 88 S-1.