V pořadí již pátá válka mezi Benátkami a Turky je známá též jako Krétská válka či Válka o Kandii. Po obsazení Kypru se Kréta stala logicky dalším tureckým cílem, který zdál snazší než Malta. Nicméně Benátky se po míru roku 1573 usilovně snažili za žádnou cenu nedat sultánovi sebemenší záminku k válce. Pokoušely se obnovit zisky z obchodu, ale doba největší slávy byla pryč a republika na laguně zvolna upadala. Do obchodu s kořením začali velice úspěšně fušovat Portugalci a Španělé, třicetiletá válka silně omezila poptávku v říši, Benátky také značně poznamenala morová epidemie na konci dvacátých let sedmnáctého století a vyčerpávaly je i války na severu Apeninského poloostrova.
Přesto roku 1638 Benátky nevydržely a napadly severoafrické pirátské loďstvo kotvící v albánské Valoně. Sultán Murad IV. to bral jako bezprecedentní útok a následovala odveta na Benátčanech po celé turecké říši. Jen válka s Persií a benátská omluva podpořená 250 000 zlatými odložila vypuknutí války.
V roce 1644 johanitská flotila napadla turecký konvoj směřující z Konstantinopole do Alexandrie, který vezl množství poutníků do Mekky, včetně významnějších osobností. Mnoho mužů bylo pobito, 350 mužů a 30 žen bylo prodáno do otroctví. Johanitské lodě zakotvili na Krétě, kde vysadili řadu zajatců. Turky to nesmírně rozhořčilo a obvinili Benátky z pomoci pirátům. Benátčané to popírali, ale na sultánově dvoře sílila váleční strana, která chtěla oslabené Benátky dorazit. I přes nesouhlas velkovezíra Sultanzade Mehmeda Paši, sultán Ibrahím rozhodl o válce. 416 všech možných lodí s 50 000 muži bylo připraveno pod vedením Kapudan Paši Silahdara Yusufa, sultánova zetě. 30. dubna 1645 vypluli a zakotvili v Navarinu s tím, že na všechny strany šířily náznaky, že se chystají na Maltu.
Takže když se 23. června turecké jednotky vylodily necelých 30 km od Chanie, bylo to pro Benátčany obrovské a obrovsky nemilé překvapení. Nedávno designovaný provvedoitore Andreo Cornero, sice začal práce na opravě rozsáhlých opevnění, ale během těch pár měsíců nemohl stihnout vše. Benátky sice od konce roku 1644 tušily, že by mohly být cílem tureckého útoku a na Krétu poslali 2 500 vojáků se zásobami. Současně začali mobilizovat své loďstvo. Předběžně přislíbil pomoc papež a Toskánsko.
Turci se na Krétě chopili iniciativy. Útok na ostrov San Todoro, kde byla menší pevnost, skončil výbuchem prachárny, kterou raději zapálil velitel posádky Blasio Zulian, než aby se vzdal. Záhy byla obležena Chania, která padla 22. srpna. Východně od Chanie v zálivu Suda se držela posádka ostrovní pevnosti Selino. To už na Krétu začaly proudit posily a shromažďovalo se zde mj. loďstvo Toskánska, johanitů, Neapolska a papežského státu. Celkem se jednalo o 60 až 70 galér, 4 galeásy a 36 galeon. Tedy třetina jejich loďstva spoléhala jen na sílu větru. Flotile velel papežův synovec Niccolo Ludovisi, nepříliš rozhodný velitel, který promeškal nejvhodnější okamžik k útoku a vydal se znovudobýt Chanii až 1. října. Jeho 90 lodí bylo poměrně snadno odraženo tureckými galérami, načež spojenci Benátek odpluli do svých přístavů. Turkům to také stačilo a Silahdar Yusuf odplul přezimovat na Bospor, přičemž na Krétě zůstala silná posádka. Benátky ale také zaútočily na turecké državy na kontinentě, s výhodou krátkých zásobovacích tras a téměř neometené námořní nadvlády. Naopak Turci na tom zde byli zcela opačně. S pomocí místních Benátčané oblehli a získali Klis v zázemí Splitu.
Benátčané se snažili získat spojence, ale třicetiletou válkou vyčerpaná Evropa, toho ani nemohla moc nabídnout. A protože se na nákladné válčení nedostávalo peněz, Senát tedy rozhodl o zdanění pevninských majetků Benátek (Terraferma), prodával šlechtické tituly i státní úřady. V čele boje stál dóže Francesco Erizzo, nicméně ten ve svých osmdesáti letech na počátku roku 1646 zemřel a nahradil jej generální kapitán moře Giovanni Cappello, kterému bylo jen 73..
V Konstantinopoli se vše chystalo na jarní tažení, když po rozmíškách u dvora přišel o život dosavadní velitel Silahdar Yusuf Paša. Benátská strategie se zaměřila na přetnutí zásobovacích tras expedičního sboru. 23 lodí pod Tomášem Morosinim blokovalo Dardanely, a pokusila se dobýt ostrov Tenedos u vjezdu do průlivu. Proti nim vyplulo 26. května 80 tureckých lodí vedených novým vrchním velitelem námořnictva Koci Musa Pašou. Po krátkém boji, byli Turci donuceni se vrátit zpět. Bezvětří 4. června, ale umožnilo Turkům proklouznout před benátskými galeonami. Koci Musa Paša se v červnu vylodil na Krétě, čemuž lodě Giovanni Cappella nedokázaly zabránit. Turci pokračovali k dalšímu velkému městu Rethymnu. Capello se rozhodl napadnout a zničit tureckou flotilu v Chanii, což se nezdařilo a nepovedl se ani pokus o přerušení blokády Rethymna. Město padlo 20. října, citadela 13. listopadu. Zima a epidemie na obou stranách utlumili vojenské akce, ale Turci stále častěji prováděli nájezdy na východ ostrova.
Na jaře 1646 začala menší, ale poměrně úspěšná turecká ofenziva v Dalmácii. Zmocnili se opět Klisu, dobyli ostrovy Krk, Pag a Cres v Kvarnerském zálivu a po celých dvou dnech i pevnost Novigrad s přívlastkem nedobytná. To ohrožovalo Zadar a Split.
2 benátský mušketýr
3 dobrovolník Scappoli
27. ledna 1647 Tomáš Morosini se svou lodí u Euboei narazil na nepřátelský konvoj o 45 galérách. Po dělostřelbě na krátkou vzdálenost s devastujícími účinky na turecká plavidla a jejich posádky jeho loď zahákovaly tři turecké galéry. V boji muže proti muži nakonec Morosini padl střelen do hlavy, téměř současně byl ale smrtelně raněn i Kapudan Paša Koci Musa. Nemilosrdný boj pokračoval a to už sem mířili tři benátské lodě, které zaznamenaly dělostřelbu. Svými děly potopily čtyři galéry a ostatní zahnaly. Morosiniho loď odtáhly na Krétu a jeho ostatky byly převezeny do Benátek, kde byly slavnostně pohřbeny. Tento nečekaný výprask zasadil turecké námořní morálce velice tvrdou ránu.
Na pevnině se Turkům vedlo lépe. Zde v červnu 1647 porazili mnohem početnější benátské oddíly a demoralizovaní obránci pak po útocích Gazi Husejna Paši ztratili celý východ Kréty. Loďstvo pod velením nového generálního kapitána Giovanniho Battisty Grimaniho sice podniklo úspěšný nájezd na přístav Cesme, ale jinak se jim nedařilo blokovat přísun posil na Krétu. V Dalmácii Leonardo Foscolo znovu ovládl ztracené ostrovy, pevnost Novigrad, Klis a dočasně i Knin. Turci naopak obléhali neúspěšně Šibenik. Tím de facto skončily zdejší válečné operace. Turci se soustředili na Krétu, Benátky limitovala místní neúroda a epidemie. Grimani ještě zablokoval turecké lodě v Argolském zálivu, což podnítilo místní Řeky v Naupliu k povstání. To bylo záhy potlačeno.
Benátskou flotilu zaskočila u ostrova Psara v březnu 1648 silná bouře, která znamenala ztrátu 19 galér, 9 plachetnic, zahynulo na 800 mužů včetně velitele Grimaniho a na dno ještě klesla pokladna s 24 000 zlatými. Přesto zbytek loďstva o 65 lodích pod velením Giacoma da Rivy úspěšně blokovala Dardanely až do příští zimy.
Turci si z dosavadního vývoje vzali několik poučení. Jednak se rozhodli, že budou stavět lodě podobné galeonám a nebudou už spoléhat na vesly poháněné galéry, jednak začaly intenzivně budovat své loďstvo v Cesme. Tím obešli dardanelskou blokádu a donutili Benátky rozdělit síly.
Kromě Kandie (Heraklionu) a několika pevností jako byly Spinalonga, Selino/Suda či Gramvousa, byla na jaře 1648 celá Kréta turecká. Jako v každé válce nejvíce situaci odneslo obyvatelstvo – odhaduje se, že v prvních třech letech konfliktu zemřelo na ostrově přes 100 000 lidí, tedy nějakých 40 % populace. V květnu 1648 Turci rozložili své tábory před Kandií a tři měsíce se důsledně připravovali na obléhání včetně přerušení veškerého spojení s vnitrozemím včetně dodávek vody do města. Zásoby do Kandie mohly a musely proudit pouze po moři. Turecká děla mířila na jižní opevnění proti bastionům Betlém, Martinengo a Ježíšově baště, stejně jako na východní předsunutý bastion Sv. Demetria. Současně se rozehrálo první dějství podzemní války, kdy Turci hloubily podkopy s cílem pobořit pevné hradby.
Armáda čítala 16 900 pěšáků a 870 jízdních, kterým čelilo maximálně 5 500 benátských vojáků. Původně zde bylo na 10 000 mužů, ale rychle se zhoršující zásobování a epidemie moru si vybraly krutou daň na mrtvých a nemocných, kteří byli evakuováni jak rychle to šlo. Poměrně překvapivě se zde projevovala také velká rivalita mezi benátskými veliteli. Ta byla částečně podporována senátem republiky, který se obával velké koncentrace moci v rukách jednoho vůdce, ale pokud nejvyšší důstojníci nenašli společnou řeč, byla tato situace silně kontraproduktivní.
Ovšem tatam byla i jednota na sultánově dvoře a vůle neochvějně dosáhnout výsledku. Sultán Ibrahím zvaný Šílený, byl velmi nevyzpytatelný, přičemž jeho až záliba v popravách státních úředníků vyústila v jeho sesazení a nahrazení synem Mehmedem IV. Posily a zásoby díky dardanelské blokádě nepřipluly a všeobecný nedostatek donutil Gazi Pašu na začátku roku 1649 přerušit obléhání. Posílená flotila o 11 velkých plachetnicích, 10 galeásách a 72 galérách pod novým Kapudan Pašou Vojnokem Ahmedem prolomila blokádu a zakotvila u Fokáje. Benátčané se s tím ale nehodlali smířit. Admirál Giacomo da Riva posílil svou skromnou skupinu o najaté anglické a nizozemské obchodní lodě a na své vlajkové lodi Rotta Fortuna v čele dalších 18 lodí 12. května neohroženě vyrazil do přístavu. Kapitán lodí Esperienza ovšem odmítl uposlechnout a čekal na volném moři. Co se s ním stalo po bitvě není známo, ale vyznamenání to asi nebylo.
Turci použili taktiku z Lepanta, a k vjezdu umístili deset galeás. Větší a lépe vyzbrojené křesťanské lodě ale touto řadou projeli jako nůž máslem, přičemž potopili 3 lodě a jednu zajali. Tureckou flotilu se nyní jali chránit plachetní válečné lodě, ale jejich posádky se výcvikem a zřejmě ani materiálem nemohli rovnat západním dělostřelcům, řada lodí byla zapálena, některé šly ke dnu a mnoho tureckých posádek své galéry opustilo a uprchlo na břeh. Některé se po úspěšné vzpouře veslařů dokonce připojili na benátskou stranu. Přepadové oddíly pak měly opuštěné lodě zapálit, ale změna větru znamenala, že neovladatelné hořící lodě směřovaly k da Rivovi a ten dal raději povel k ústupu. Krásné vítězství, 14 lodí potopeno se ztrátou jedné vlastní, ale Benátčané nedokázali zničit většinu turecké flotily, která doručila zásoby a posily na Krétu. Turci po jejich příjezdu v červnu ihned obnovili obléhání Kandie. Dělostřelecké baterie na jihu a u pobřeží ostřelovaly město a přístav. Pod hradbami se začaly hloubit podkopy, bylo odpáleno na 70 min, Turci přišli při útocích o 1 000 mužů, ale obránci se víceméně v pohodě drželi.
Na pokračování v aktivním obléhání neměl Gazí Paša dostatek lidí i materiálu. Jižně od města vybudoval opevněný tábor či městečko Inadiye (Nová Kandie) pro 4 000 pěších a 800 jezdců, kam se stáhla většina vojska a v zákopech u města zůstalo jen nutné minimum. Na konci roku musel ještě řešit janičářskou vzpouru kvůli nevyplacenému žoldu. Benátská posádka povětšinou čítala mezi 4 000–6 000 muži. To nebyla zase taková bída, horší to bylo s jejich morálkou a disciplínou, která se ve značné míře odvíjela od vypláceného, či bohužel velmi často a čím dál tím častěji zpožděného a dlužného žoldu. Řada vojáků se zadlužila jen aby se vůbec najedli, obecná nespokojenost a chudoba vyvolávala dezerce a útěk k Turkům a to zase přísné tresty. Nedostatek píce znamenal konec benátské jízdy a obránci nemohli rychlými výpady znepokojovat tureckou pěchotu, která se objevovala až drze blízko hradeb. Necelých 100 děl odpovídalo jen zřídka a 5 galér posádky Kandie převážně vyčkávalo v přístavu s nedostatečnou údržbou.
Provvedotore se dokonce velmi vážně obával, že tento stav vyvolá ve městě vzpouru. Jen na platy a válečný materiál potřebovalo město měsíčně 50 000 dukátů. Ovšem to nestačilo a kvůli naprostému nedostatku peněz benátští velitelé zanedbávali údržbu opevnění a prý falšovali účetní knihy, aby udrželi před republikou zdání pořádku. Vysloveně černá díra, ovšem Benátky doufaly, že až vyhrají, zisk z obchodu jim to vynahradí.
Druhé bojiště na Krétě se nacházelo v zálivu Suda, kde Benátky držely ostrovní pevnost Selino. Turci jí ostřelovali z postavení nějakých 600 metrů vzdálených na severní straně pobřeží zálivu, ale bez výsledku. Hlavní byla námořní převaha Benátčanů, když místní eskadra znemožnila i jen pokus o vylodění tureckých sil na ostrově. Navíc námořní nadvláda umožňovala tu a tam náhlý přepad pevniny, přičemž primárním cílem byly zásobovací kolony směřující ke Kandii. To donutilo Turky rozptýlit své síly a poněkud to ulevilo hlavnímu městu. Západně od Chanie Benátky zaútočili na ostrov San Todoro, který na třetí pokus ovládly. Ovšem po poboření opevnění se vojáci zase stáhli nedostatečným zásobám.
Benátkám se i přes silnou námořní dominanci nedařilo blokovat veškeré konvoje se zásobami a rok 1650 byl charakterizován jen jako další měsíce pasivního obléhání. Benátky neměly dost sil blokovat jak Dardanely tak průliv u Chiosu, přesto před Marmarským mořem operovalo 41 lodí, které znemožnily Haideragázadovi Mehmedovi Pašovi proplout. Turecký velitel byl nahrazen Hozamzádem Alí Pašou, která počkal do zimy, kdy se Benátčané stahovali do přístavů, rychle nalodil co mohl a proklouzl na Krétu spíše v obavách z nepřízně počasí než z nepřítele. Na Krétě stále turecké jednotky spíš blokovaly než aktivně obléhaly Kandii, na čemž se dlouhé roky nic nezměnilo. Šlo vlastně hlavně o to, kdo vydrží déle. Na celém ostrově bylo na 28 000 tureckých vojáků. Obléhání se bezprostředně účastnilo asi 12 000 mužů, přičemž kolem poloviny z nich byli dělníci a pomocníci. Obránci na tom nebyli vůbec dobře. Za poslední rok přišli díky nemocem, podvýživě a dezercím na 2 500 vojáků. Vojáci umírali na infekci i po drobných zraněních.
Na konci června vyplula silná turecká flotila o 114 lodích z Dardanel směrem na Chios a Patmos. Alvis Mocenigo se vypravil se svými 28 plachetnicemi, 24 galérami a 6 galeásami k Santorini. Mezi 8 a 10. červencem 1651 došlo mezi ostrovy jižně od Naxu k řadě střetů mezi Benátčany a tureckou flotilou. Po třech dnech bojů kleslo ke dnu 5 tureckých lodí a dalších 10 bylo zajato. Zbytky sice poražené, ale v zásadě nedotčené turecké flotily se stáhly na Rhodos, následně ale zamířily na Krétu. Nový benátský velitel Leonardo Foscolo v dalších letech nezískal jasnou převahu, i když se podařilo obsadit ostrov Skyros, Turci naproti tomu posílili svou flotilu a dokázali dovážet na Krétu posily. Turecké jednotky zde nakonec čítaly kolem 20 000 mužů. Ty v roce 1653 konečně dobyly ostrovní pevnost Selino a znovu opevnily pobořené San Todoro. Až do šedesátých let ale Kandii blokovalo nějakých 6 000 pěších a 1 000 jízdních.