První z této dvojice je, nebo spíše bylo 27 (28?) strojů EA-6A. Nově jich bylo postaveno 15 a zbytek vznikl konverzí z letounů útočné verze A-6A. První letoun vzlétl 26.4.1963.. Nové stroje byly vybaveny systémem AN/ALQ-86 ECM a protiradarovými raketami AGM-45 Shrike. Zároveň byly schopny ochromit systém velení a řízení protivníka prostřednictvím efektivního rušení velké části elektromagnetického spektra. Letouny používala námořní pěchota při operacích nad Vietnamem. Postupně však začalo být jasné, že verze EA-6A nevyhovuje požadavkům na účinné vedení REB. Na jednoho operátora bylo těch systémů příliš. Přesto však všechny tyto stroje sloužily až do roku 1993 kdy byly vyřazeny.
EA-6A ze stavu VMAQ-2 Death Jesters
V květnu 1968 vzlétl nový letoun se zaměřením pro REB. Sériové stroje začaly být dodávány bojovým jednotkám v průběhu roku 1971 (první letouny byly operačně způsobilé v průběhu června ve stavu eskadry VAQ-132 Scorpions) a o pár měsíců později se EA-6B objevil nad Vietnamem kde nahradil zastaralé EF-10B Skynight a EKA-3B Skywarrior. Vycházel z verze A-6A a REB verze EA-6A. Letoun dostal bojové jméno Prowler.
EA-6B Prowler ze stavu VAQ-138 Yellow Jackets
Vizuálně se od všech předchozích verzí odlišoval prodloužením přední části trupu o 132 cm a zvětšením kabiny. V ní se našlo místo pro pilota a tři operátory elektronických systémů sedící ve dvou řadách. Další odlišností proti bojovým verzím je velký kryt přijímačů schopných detekovat pracující radiolokátory nepřítele na značnou vzdálenost na vrcholku SOP.
Hlavní činností EA-6B v rámci letecké skupiny je detekce a pasivní a aktivní rušení elektronických systémů nepřítele, plus jejich přímá likvidace. K tomuto účelu je vybaven velmi výkonnými elektronickými rušičkami a klamnými odpovídači. Na celkem sedmi závěsnících (šest křídelních a jeden trupový) stroj standardně nese čtyři protiradarové střely Texas Instrument AGM-88A HARM a kontejnery TJS s rušičkami AN/ALQ-99F. Každý kontejner obsahuje dvě rušičky pro různá vlnová pásma a má nezávislý zdroj energie. Zahlcením radarových systémů protivníka je letoun schopen zamaskovat celou skupinu útočících letadel. Stroje jsou průběžně modernizovány a vybavovány nejnovějšími prostředky tak aby mohly efektivně plnit svoji úlohu.
EA-6B Prowler ze stavu VAQ-140 Jesters
Letoun pohání dva motory Pratt&Whitney J52-P-408 s tahem po 49.8 kN případně verze P-409 (53.4 kN). Rozměry a výkony, kromě délky, jsou obdobné jako u útočných verzí.
Celkem bylo vyrobeno 170 letounů (tři vznikly konverzí z varianty EA-6A). V současnosti je 125 strojů zařazeno v celkem devatenácti squadronách (12 USNavy, 4 USMC a tři Navy-Air Force). S jejich operačním nasazením se počítá minimálně do roku 2009-2010 (některé zdroje uvádějí až rok 2015), kdy by ho měly nahradit speciální REB verze stroje F/A-18 F Super Hornet označené jako EA-18G Growler.
předpokládaný nástupce Prowleru - EA-18G_Growler
